Фамилия Косонин — редкий случай, где географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Если вы встречали Косониных, скорее всего, они родом с Русского Севера, а точнее — из Архангельской области или соседних районов Вологодчины. Этот вывод подсказывает не корень, а суффикс: -ин в фамилиях на Севере часто крепился к прозвищам на -оня, -аня, -уня, которые там были в ходу.

Основа фамилии — прозвище Косоня. Его могли дать человеку с заметной чертой: косому (кривому на один глаз) или тому, кто косил — либо в прямом смысле (крестьянин с косой на сенокосе), либо в переносном (человек, который «косит» под кого-то, притворяется). В северных говорах слово «косоня» могло означать и неуклюжего, неловкого человека — того, кто «ходит косо», не прямо. Все эти значения укладываются в модель прозвищ, описывающих внешность или манеру поведения.

Версия с косой как сельскохозяйственным инструментом (Коса → Косоня) менее вероятна: обычно от названий орудий труда образовывали фамилии через суффикс -арь (Косарев), а не через уменьшительное -оня. Так что Косонин — это скорее «сын Косони», то есть потомок человека с характерным прозвищем.

Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами северных регионов. В центральной России её могли бы записать как Косонев (от Косонь) или Косачев, но северная модель на -ин закрепила именно форму Косонин. В писцовых книгах XVII века на Двине и Ваге такие прозвища фиксировались нередко, хотя конкретных Косониных в сохранившихся документах до XVIII века почти нет — фамилия, судя по всему, оформилась поздно, уже в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по отцу.

Сравните с однокоренными: Косов, Косой, Косицын — все они образованы от той же основы «кос-», но разными суффиксами. Косонин стоит особняком из-за редкого форманта -оня, который в русских фамилиях встречается в основном на Севере и в Сибири (ср. Болонин, Хоронин). Так что если ваша фамилия Косонин, предки почти наверняка были крестьянами-землепашцами из архангельских или вологодских деревень, и прозвище им дали либо за особенность зрения, либо за манеру ходить или работать.