Фамилия Косоногов происходит от прозвища Косоногий, которое, в свою очередь, напрямую связано с сочетанием «косые ноги». В большинстве случаев такое прозвище указывало на реальную особенность внешности — хромоту, кривизну ног или особую походку. Однако есть и вторая, менее очевидная версия: прозвище могло быть охранительным, то есть «оберегом». В народе верили, что если назвать ребёнка Косоногим, то злые духи не позарятся на него, и мальчик вырастет здоровым и статным. Таким образом, фамилия закрепилась за потомками человека, который либо имел характерную походку, либо носил имя-оберег.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе прилагательного Косоногий, преобразовав его в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» — то есть «сын Косоногого». С точки зрения истории языка, это одна из самых распространённых моделей, по которой в XVI–XVII веках оформлялись фамилии крестьян и посадских людей.

Интересно, что фамилия Косоногов — редкая по сравнению с однокоренными Кривоноговыми или Хромоноговыми. Это может говорить о том, что прозвище Косоногий было менее употребительным и бытовало в ограниченной местности. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) такие «физические» прозвища обычно относят к категории описательных, но именно вариант с «косыми ногами» встречается реже, чем указание на хромоту или кривизну.

Если говорить о географии, то фамилия Косоногов распространена в центральных и южных областях России, но не образует плотных гнёзд — скорее, встречается точечно. Это подтверждает версию о том, что фамилия не была массовой и могла возникнуть в нескольких разрозненных родах независимо друг от друга.