Фамилия Костенкис звучит для русского уха как явно нерусская, и это верное первое впечатление. Её выдает суффикс -ис, который в славянских фамилиях практически не встречается. Это типичный латышский или, реже, литовский патронимический суффикс, соответствующий русскому -ович или -ов. Перед нами не исконно великорусская фамилия, а результат длительного соседства или ассимиляции в Прибалтике.

Основа фамилии — Костенк-. Если отбросить суффикс, мы видим корень Кост-, восходящий к каноническому имени Константин (от лат. constans — «постоянный, стойкий»). В восточнославянской среде это имя дало множество уменьшительных форм: Костя, Костюк, Костенко. Именно форма Костенко (с суффиксом -енк-, характерным для украинских и южнорусских фамилий) и легла в основу прибалтийского варианта. Носитель фамилии Костенкис — это, скорее всего, потомок человека, которого в документах или в быту записывали как Костенко, но при переходе в иную языковую среду (латышскую или литовскую) к основе добавили местное окончание, указывающее на принадлежность: «сын Костенко».

Географически фамилия тяготеет к Латвии и пограничным районам Литвы, где исторически существовали крупные старообрядческие и русскоязычные общины. Встречается она и на территории современной России, но преимущественно в тех регионах, куда в XX веке переселялись латыши или латгальцы (например, Сибирь, Красноярский край). В исконно русских областях (Центральная Россия, Север) Костенкис — редкость.

С точки зрения сословной принадлежности каких-то однозначных выводов сделать нельзя. Фамилия могла принадлежать как крестьянину-старообрядцу, бежавшему в Прибалтику от гонений, так и горожанину, ремесленнику или мелкому торговцу. Латышский суффикс -ис не был привилегией дворянства, он массово закреплялся за всеми слоями населения в XIX веке, когда в Курляндии и Лифляндии проводилась унификация фамилий.

Таким образом, фамилия Костенкис — это гибрид: славянское уменьшительное имя, «одетое» в прибалтийскую грамматическую форму. Она прямо указывает на то, что предок носителя носил славянское имя или прозвище Костенко (сын Кости), но жил в среде, где говорили на латышском или литовском языке. Это не «испорченная» русская фамилия, а самостоятельный антропоним, возникший на стыке двух культур.