Фамилия Косточкин образована от прозвища Косточка, в основе которого лежит аналогичное нарицательное. Косточка — это покрытое деревянистой оболочкой ядро плодов. Обычно таким прозвищем называли коренастых, сильных мужчин с жестким характером. Согласно другой версии, прозвище Косточка восходит к нарицательному «кость». В этом случае так могли прозвать худого человека. Также не исключено, что оно относится к профессиональным именованиям, указывающим на род деятельности предка: он мог быть мастером по изготовлению сувениров, предметов быта из кости животного. Так и прозвище Косточка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Косточкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Косточка, со временем получил фамилию Косточкин.