Фамилия Косточко — яркий пример украинской или южнорусской модели фамилий на -ко. В украинской ономастике этот суффикс был чрезвычайно продуктивен: он присоединялся к прозвищам, именам и названиям профессий, превращая их в фамилии. В основе фамилии лежит слово «косточка» или «кость», но значение прозвища могло быть разным.

Самый прямой путь — от прозвища Косточко, данного коренастому, крепкому мужчине с твёрдым характером. «Косточка» — не просто уменьшительное от «кость», а образ плотного, сбитого человека, в котором чувствуется внутренний стержень. В народе могли сказать: «он весь из косточки да жилочки».

Есть и противоположная версия: так могли прозвать худого, костлявого человека. В говорах «кость» нередко означала «худоба», «сухость». Оба прозвища — и «крепкий», и «худой» — строятся на одной основе, но выбирают разные её оттенки.

Третий вариант, который не стоит сбрасывать со счетов, — профессиональный. Косточкой на Руси называли мастера-костореза, который вырезал из кости гребни, пуговицы, шахматы и другие предметы. Промысел был распространён в Холмогорах, Тобольске, Киеве. Если предок носителя фамилии был косторезом, прозвище Косточко закреплялось за ним по роду занятий.

Суффикс -ко указывает, что фамилия сформировалась в среде, где было принято называть человека по прозвищу в уменьшительной форме: не просто Кость, а Косточко. Такие фамилии часто встречаются в реестрах запорожских казаков и среди крестьян Левобережной Украины. Встречаемость фамилии Косточко выше всего в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, а также в приграничных районах России.

Какую из версий выбрать — зависит от семейного предания. Но все они сходятся в одном: фамилия образована от прозвища, данного по внешней или профессиональной черте, и закрепилась в украинской ономастической традиции.