Фамилия Костыковы — типичный пример русской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ов. Он указывает на принадлежность («чей?») и буквально означает «сын Костыка» или «потомок Костыка». Вопрос лишь в том, что скрывалось за этим личным именем — церковное имя или мирское прозвище.

Первая и самая очевидная версия: Костык — это народная, обиходная форма крестильного имени Константин. В переводе с греческого Константин означает «стойкий, постоянный». На русской почве имя быстро обрастало уменьшительными вариантами: Коста, Костя, Костык. Если предок носителя фамилии был крещён Константином, то в быту его вполне могли звать Костыком, а его дети автоматически становились Костыковыми.

Вторая версия, не менее правдоподобная, отталкивается от нарицательного «кость». Прозвище Костык могли дать человеку за внешнюю худобу, костлявость или высокий рост. В русских говорах «костык» иногда означало «костяшка», «сустав», что тоже могло стать основой для прозвища по заметной детали внешности. Такие прозвища по физическим признакам — один из древнейших пластов русских фамилий. В этом случае фамилия Костыков — это уже не «сын Константина», а «сын Костыка-костлявого».

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: процесс её закрепления шёл несколько столетий, и в разных регионах она могла появиться независимо. Однако суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что основа (Костык) оканчивалась на согласный, и это самая распространённая модель для центральных и северных областей России. В южных и западных регионах чаще встречались бы варианты вроде Костыченко или Костыкевич.

Фамилия не слишком редкая, но и не массовая. Её носители встречаются в разных частях России, и каждый случай требует отдельного генеалогического исследования — опираться на церковные записи, ревизские сказки и переписи, чтобы понять, какая из двух версий верна для конкретной семьи.