Фамилия Косянин образована от прозвища или имени, которое звучало как Косян. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Косянин буквально значит «сын Косяна» или «человек из рода Косяна». Это типичная модель для восточнославянских фамилий, особенно распространённая в северных и центральных областях России, где -ин часто вытеснял более южный -ов.

Само имя Косян — это уменьшительная форма от канонического имени Константин (через народные варианты Костя, Косьма или даже Косой). Но есть и другая, более прозаичная версия: прозвище Косян могли дать человеку, который косил глазами, то есть был косоглазым. В говорах слово «косяк» также означало кривой, неровный предмет, а «косянить» — делать что-то наперекос. Поэтому прозвище могло относиться к человеку с нестандартной внешностью или к тому, кто постоянно спорил и делал всё «наперекосяк».

Географически фамилия Косянин тяготеет к южнорусским и украинским землям, где суффикс -ин в прозвищных фамилиях встречается реже, но всё же фиксируется. В документах XIX века носители фамилии встречаются среди крестьян Воронежской, Курской и Харьковской губерний. Интересно, что в украинском языке слово «косянин» могло быть диалектным названием косаря — человека, который косит траву, но эта версия менее надёжна, так как форма на -янин в украинских фамилиях скорее указывает на принадлежность к местности или роду.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Косяков, Косяченко, Косян — показывает, что Косянин стоит особняком. Большинство фамилий на -ов/-ев и -енко образованы от того же корня, но Косянин с его суффиксом -ин выдаёт либо более раннее происхождение (когда -ин был основным патронимическим суффиксом), либо связь с конкретной местностью, где такая модель была нормой. Спор между версиями решается просто: скорее всего, предок носителя фамилии был либо сыном человека по прозвищу Косян (от косоглазия), либо сам получил это прозвище, которое затем закрепилось за его потомками как фамилия.