Фамилия Котерюшина — редкий случай, когда географическая привязка оказывается надёжнее, чем прозрачная этимология. Она явно несёт следы западных или юго-западных русских земель: суффикс -юш- (как в фамилиях Горюшин, Корнюшин) типичен для украинской, белорусской и польской традиции образования прозвищ. В великорусских говорах чаще встречается -уш- (Котерин, Котеров), так что -юш- выдаёт в фамилии «выходца» с территории бывшей Речи Посполитой.

Основа «Котер-» звучит как вариант корня «кот-» (ср. Котов, Котин), но с дополнительным -ер-, который мог появиться от диалектного слова «котерь» или «котора». В польском языке есть «koter» — мелкий торговец, а в белорусских говорах «котары» называли спорщиков и задир. Ещё одна версия — от «котер» в значении «котел» (сравните чешское kotel и польское kocioł), но это уже менее вероятно, потому что фамилии от «котла» обычно звучат как Котелов или Котляров.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Котерюшина — буквально «жена или дочь Котерюши». Сама фамилия Котерюша — это ласкательная форма от прозвища Котерь. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо мелким торговцем, либо человеком с неуживчивым, «которливым» характером. В пользу ремесленной версии говорит и то, что в польских метриках XVI–XVII веков фамилия Koter встречается именно у мещан и крестьян, а не у шляхты.

Если заглянуть в словарь Веселовского, там нет прямого упоминания Котерюшиных, но есть фамилии Котеров и Которов, записанные в Новгородской и Псковской землях. Это косвенно подтверждает, что корень «кот-»/«котор-» бытовал на северо-западе Руси, а форма с -юш- — результат смешения с польской или белорусской диалектной средой. Таким образом, фамилия Котерюшина — гибрид: южный или западный суффикс на северном корне.

В современной России фамилия встречается точечно, чаще всего в Воронежской и Ростовской областях — регионах, куда в XVIII–XIX веках активно переселялись украинские и белорусские крестьяне. Это подтверждает версию о миграции носителей фамилии с запада на юг.