Фамилия Коткусов, предположительно, является вариантом встречающаяся преимущественно в Литве фамилии Каткус, адаптированной славянами. В свою очередь, фамилия Каткус может быть образована от аналогичного прозвища, берущего начало от эстонского корня katke в значении «обрыв». Вероятно, именование Каткус указывает на особенности места, где жил человек. Так могли назвать того, чьи дом или селение располагались близ обрыва. Возможно также, что фамилия Коткусов происходит от аналогичного прозвища, восходящего к топониму Коткус. Так называется населенный пункт в Финляндии близ Хельсинки. Можно предположить, что Коткусовым прозвали того, кто был родом из Коткуса или прожил там какое-то время.