Фамилия Коткусов — редкий случай, когда корни, скорее всего, ведут не вглубь русских говоров, а к балтийским и финским топонимам. Судя по всему, это славянская адаптация литовской фамилии Каткус. Механизм прост: к основе прирастили типичный русский суффикс принадлежности -ов, получив отчество-фамилию «сын Каткуса». Сама же литовская фамилия Каткус, по одной из версий, могла произойти от прозвища, в основе которого лежит эстонское слово katke — «обрыв». Если так, то прозвище дали человеку по месту жительства: его дом или деревня стояли на краю обрыва.

Есть и другая, не менее интересная версия. Фамилия могла возникнуть от прозвища Коткус, данного по названию финского населённого пункта Коткус (Kotkus) недалеко от Хельсинки. В таком случае Коткусовым называли переселенца или выходца из этих мест. Обе гипотезы сходятся в одном: фамилия не исконно русская, а пришла из Прибалтики или Фенноскандии. Сейчас она встречается преимущественно в Литве и у русских, имеющих с этим регионом историческую связь.