Фамилия Котоний — случай редкий и загадочный. В ней нет суффиксов, типичных для русских фамилий (-ов, -ин, -ский), что сразу наводит на мысль о книжном или искусственном происхождении, либо о её латинских корнях. Основа «Котон-» может восходить к латинскому «coto» или «cotoneum» — айва. В этом случае фамилия образована по модели, напоминающей дворянские или семинарские фамилии на -ий (как Вергилий, Гораций), где латинизированное название растения становилось основой для прозвища или псевдонима.

Вероятнее всего, Котоний — это фамилия, возникшая в духовной среде. В семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали звучные фамилии по названиям растений, городов или античных персонажей, отрывая их от простонародных прозвищ. «Котоний» могло быть калькой с латинского «Cotonius» — «айвовый», что звучало благородно и книжно. Такую фамилию мог получить выпускник, чья прежняя фамилия казалась неблагозвучной, или же её придумали для сына крестьянина, отличившегося в учёбе.

Второй, менее вероятный, но возможный вариант — искусственная фамилия, созданная в среде русских помещиков или интеллигенции по моде на античность. Если предок был страстным садоводом или имел отношение к разведению айвы, его могли в шутку или всерьёз называть «Котоний». Однако документальных подтверждений такому бытованию нет.

Фамилия крайне редкая. В современных базах данных она почти не встречается, что подтверждает её элитарное или искусственное происхождение: такие фамилии не передавались массово, а оставались в узком кругу одной семьи или сословия. По сути, Котоний — это не столько указание на профессию или место, сколько интеллектуальный конструкт, «учёная» фамилия, которая говорит о книжном происхождении её первого носителя.