Фамилия Котусев — довольно редкая, и её значение прозрачнее, чем кажется на первый взгляд. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Котус. Такие имена были распространены в старину на Руси: человека могли назвать по повадкам, внешности или отношению к животным. Слово «кот» в русских говорах имело не только прямое значение, но и переносное — ласковый, хитрый, домовитый человек. Суффикс -ус в прозвище Котус — характерная деталь. Он придаёт слову уменьшительно-ласкательный или шутливый оттенок, как в словах «матус», «батус» или в белорусских и украинских прозвищах. Таким образом, Котус — это, скорее всего, «маленький кот» или «котёнок», то есть прозвище дали человеку с мягким, уютным характером или, наоборот, с хитрой, кошачьей повадкой.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Котус- добавили патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Котусев, то есть сын Котуса). Это типичная русская фамилия, возникшая в среде крестьян и посадских людей не позднее XVII–XVIII веков. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, но встречается и в Поволжье, что подтверждается данными переписей и метрических книг XIX века. Встречаются варианты написания — Котузов, Котусев, Котусьев, но основной, закрепившийся в документах, именно Котусев.

Любопытно, что фамилия Котусев не связана с профессиональным прозвищем «кот» в значении «рыбак» или «бродяга» (как, например, у фамилии Котов). Здесь акцент именно на прозвище-характеристике. В ономастических справочниках фамилия не получила широкого разбора, но её структура однозначно указывает на прозвищное происхождение. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего стоят Котузов (с тем же корнем, но другой суффиксальной моделью) и Котунов (от «котун» — старый кот или, в диалектах, лентяй). Однако Котусев стоит особняком благодаря своему редкому суффиксу -ус, который делает фамилию не просто «кошачьей», а именно ласковой, домашней.

Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, получившими своё родовое имя по уличному прозвищу. Никаких дворянских корней или громкой истории у фамилии нет — это чисто народная, бытовая ономастика, сохранившая в себе отзвук живого русского языка, где даже кота могли назвать по-особенному.