Фамилия Коваливкер — редкий случай на стыке нескольких языковых традиций. Её основа, Ковалив-, с большой вероятностью восходит к украинской или белорусской форме имени Коваль, то есть «кузнец». Суффикс -ив- (Ковалив) — типичный для восточнославянских фамилий, образованных от личного имени или прозвища отца: Ковалив буквально значит «Ковалёв», то есть «сын кузнеца». В украинской и белорусской среде фамилии на -ив (Ковалив, Гнатив, Стецив) широко распространены и соответствуют русским фамилиям на -ов.

Вторая часть, -кер, — явный маркер иноязычного влияния. Скорее всего, это немецкий или идишский суффикс, который мог означать профессию или принадлежность к группе. В фамилиях еврейского происхождения элемент -кер часто указывает на выходца из определённого места (например, Ландсбергер — из Ландсберга) или на род занятий. В случае Коваливкер логичнее всего предположить, что перед нами гибридная фамилия: славянскую основу «кузнец» переосмыслили или адаптировали по немецкой модели. Такое смешение характерно для территорий, где славяне и немецкоязычные евреи жили бок о бок — например, в Галиции, Волыни, Подолии, а также в некоторых районах Беларуси и Польши.

Есть и другая, менее вероятная, версия: что -кер — это искажённое окончание -ский или -цкий, но для этого нет убедительных фонетических подтверждений. Также не стоит путать фамилию с похожей по звучанию еврейской фамилией Коваликер (от местечка Ковалики), — в Коваливкер ударение падает на второй слог, и корень явно указывает на профессию, а не на топоним.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или крестьянству: её носителями могли быть ремесленники, мелкие торговцы или арендаторы. В документах XIX — начала XX века Коваливкер встречается преимущественно среди еврейского населения черты оседлости, особенно в Киевской и Подольской губерниях. Сегодня фамилия остаётся малочисленной, но сохраняет яркую память о том, как в одной фамилии могут ужиться славянское ремесло и немецкий суффикс.