Фамилия Ковальскя — редкий и нестандартный вариант написания. Скорее всего, перед нами не фамилия в её привычной, застывшей литературной форме, а её диалектное или бытовое произношение, зафиксированное в документах. В русской ономастике фамилии на -ск(ий) / -ск(ая) — это типичные дворянские или польско-шляхетские формы, но окончание -я здесь выбивается из нормы. Обычно фамилии на -скя встречаются у белорусов или в северо-западных русских говорах, где аканье и яканье влияют на письмо: Ковальский могли записать как Ковальскя, особенно если носитель сам так себя называл в быту.

Основа фамилии прозрачна: коваль — это кузнец. Слово общеславянское, в украинском, белорусском и польском языках оно вытеснило или дополнило древнерусское «кузнец». Соответственно, предок носителя фамилии был кузнецом — ремесленником, работавшим с металлом. В восточнославянской традиции фамилии от названий профессий — одни из самых частых, но именно Ковальский (и его варианты) встречаются реже, чем простые Ковалёв или Ковальчук. Суффикс -ск- указывает на то, что фамилия могла сложиться по польской или западнорусской модели: «Ковальский» означало «принадлежащий к роду Ковалей» или «выходец из места, где живут ковали».

Если рассматривать написание Ковальскя как осознанное, а не как ошибку паспортистки, то это может быть примером адаптации фамилии на русской почве, где окончание -ая в женском роде (Ковальская) «проглотили» в говоре, превратив в -я. Встречаются и обратные случаи, когда мужская форма на -ий переходит в -ей (Ковальскей), но -скя — более редкий и локальный вариант.

Географически фамилия Ковальский и её производные тяготеют к западным регионам: Смоленщина, Брянщина, Псковщина, а также Беларусь и Польша. Если ваша фамилия именно Ковальскя, скорее всего, ваши предки жили в зоне смешения русских и белорусских говоров, где окончания слов «съедаются» или меняются под влиянием живой речи. Род занятий предка — кузнечное дело — был уважаемым и давал прозвище, которое в итоге закрепилось как фамильное имя.