Фамилия Ковандина — редкий пример, когда суффикс указывает на пол носителя точнее, чем обычно. Перед нами типичная «матчество»: форма «Ковандин» плюс окончание -а, закреплённое за женщиной. В русской традиции фамилии на -ин/-ын образовывались от имён и прозвищ на -а/-я (Кованда → Ковандин), и если мужчина — Ковандин, то его жена или дочь в документах XIX века вполне могла записываться как Ковандина. Со временем эта женская форма закрепилась как наследственная фамилия для целого рода, независимо от пола.

Основа здесь — прозвище Кованда. Вероятнее всего, это вариант имени Кован, которое в свою очередь восходит к каноническому Косма (в просторечии Кузьма). В говорах имя переделывали: Куземка, Козёмка, а на севере и в Поволжье — Кован. Прибавка -да могла появиться как экспрессивный суффикс (по модели «борода — бороданда»), либо как искажение при переписи. Менее вероятно, но допустимо, что в основе лежит глагол «ковать» — Кованда как «кузнец», но тогда форма была бы Коваль или Ковалёв.

Географически фамилия привязана к северным и центральным губерниям России. В ревизских сказках XIX века Ковандины встречаются в Вятской и Костромской губерниях, а также в Пермской — там, где активно селились выходцы с Русского Севера. Это косвенно подтверждает версию с именем Кузьма: на Вятке и в Поморье любили уменьшительные формы на -анда (Михайло — Миханда, Иван — Иванда).

Интересная деталь: фамилия Ковандина почти не встречается за пределами России. По сравнению с однокоренными Ковалёвыми или Кузнецовыми, она осталась локальной, не размножилась через духовенство или дворянство. Это фамилия крестьянского и мещанского корня, без громкой истории — но с чётким следом в северорусской антропонимии.