Фамилия Кованева — женская форма фамилии Кованев, и её происхождение стоит искать не в глаголе «ковать», а в личном имени или прозвище. Если бы основа была напрямую связана с кузнечным ремеслом, мы бы увидели фамилию Ковалёв или Ковань (от диалектного «ковань» — кованое изделие). В случае Кованева корень — «Кован» или «Ковань», что в старину могло быть уменьшительной формой имени Иван (через украинское или белорусское «Кован» — вариант Кованько, Кованец) или же прозвищем человека с твёрдым, «кованым» характером.

Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: Кованев — «сын Кованя». Такая модель (основа на мягкий согласный + -ев) типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -ь. В отличие от фамилий на -ов (как Кованов), которые встречаются реже, Кованева географически привязана к южнорусским и украинским регионам — там, где имя Иван в народной речи стягивалось до «Кован» (сравните: Иван → Ванечка → Ваня, а в украинском — Іван → Ковань). В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и казаки с прозвищем Ковань, например, в реестрах Войска Запорожского.

Есть и более редкая версия: от названия села Кованево (такие топонимы есть в Костромской и Рязанской областях). Тогда фамилия могла возникнуть у переехавшего крестьянина, которого записали по месту прежнего жительства. Но эта гипотеза слабее, потому что топоним Кованево сам, скорее всего, произошёл от фамилии первопоселенца.

В написании фамилии иногда путают с Кованёва (с ударением на ё), но это разные фамилии: Кованёв — от «кованый» (например, человек с кованой броней или прозвище упрямца), а Кованева — от «Ковань». В современных базах данных фамилия Кованева встречается нечасто, что говорит о её локальном распространении — преимущественно в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани. Предки носителей этой фамилии, вероятно, были либо вольными крестьянами-однодворцами, либо казаками, взявшими фамилию по личному прозвищу.