Фамилия Коварнин — редкий пример того, как на первый взгляд прозрачная основа скрывает неочевидную историю. С первого взгляда кажется, что перед нами вариант фамилии Коварёв или Коварный. Но суффикс -ин указывает на притяжательное значение: Коварнин — это «чей?» — сын или потомок Коварни. Значит, в основе лежало прозвище Коварня.

Что означало это прозвище? Самое прямое объяснение — от слова «коварный», то есть хитрый, лукавый. В русских говорах у этого слова не было исключительно отрицательного оттенка: коварным могли назвать изворотливого мастера, умельца, который обходится малыми средствами, или человека с нестандартным, обходным решением. Однако есть и другая версия, более прозаичная. В некоторых диалектах «коварня» — это кузница, место, где куют. В таком случае прозвище Коварня мог получить кузнец, а Коварнин — его сын. Связь с кузнечным ремеслом подтверждается тем, что в русских фамилиях суффикс -ня часто даёт прозвища по месту работы: Кузня, Плотня, Коварня. Но в отличие от фамилии Кузнецов, здесь сохранилась именно форма места, а не профессии.

Фамилия Коварнин — нечастая. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, где кузнечное дело было развито, но при этом не дало массовых фамилий. Возможно, Коварнины — это потомки одного конкретного мастера, чьё прозвище закрепилось за семьёй. В любом случае, перед нами фамилия-загадка: она может указывать либо на хитроумный характер предка, либо на его ремесло, связанное с огнём и металлом.