Фамилия Ковбасей — случай, когда написание сразу подсказывает путь разбора. Окончание -ей не типично для русской фамилии, а скорее напоминает украинскую или белорусскую модель. В русской традиции мы бы ждали Ковбасов или Ковбасин. Форма на -ей указывает, что фамилия образована не от отчества, а от прозвища с помощью суффикса -ей, который в украинском и белорусском языках часто давал фамилии с ударением на последний слог.

Основа фамилии — «ковбас», то есть колбаса. Это не значит, что предок торговал колбасой. В славянской ономастике прозвище Колбаса (или Ковбаса) давали человеку по внешнему сходству: полному, круглому или, наоборот, очень худому и вытянутому. В переносном смысле так могли назвать ворчливого или медлительного человека. В украинских говорах слово «ковбаса» имеет те же значения, что и в русском, но с более широким спектром переносных смыслов — от «лентяя» до «простака».

По модели образования Ковбасей — это патроним, то есть «сын Ковбаса». Суффикс -ей в украинских фамилиях выполнял ту же роль, что русский -ов: он присоединялся к основе прозвища и указывал на принадлежность. Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, сыном человека по прозвищу Ковбас. Фамилия почти наверняка украинского происхождения, и её географическое ядро — центральные и западные области Украины, где такие модели распространены.

В отличие от фамилий на -енко, которые массово фиксировались в реестрах XVII–XVIII веков, фамилии на -ей встречаются реже и чаще сохраняют локальный характер. В России эта фамилия редкая, и её носители, вероятно, потомки выходцев с Украины или из Беларуси. При склонении фамилия ведёт себя как существительное мужского рода: Ковбасей, Ковбасея, Ковбасею. У женщин фамилия не склоняется.