Фамилия Ковшутин — это «патронимическая» модель, то есть передающая имя или прозвище отца сыну. В основе лежит прозвище Ковшута, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ковшутин, то есть сын Ковшуты. Такая модель характерна для северных и центральных областей России, где -ин конкурировал с более южным суффиксом -ов.

Корень прозвища — слово «ковш». В прямом значении это металлический или деревянный сосуд для питья и зачерпывания жидкостей. Но в русских говорах у слова были и другие смыслы. Ковшом называли ящик на мельнице, куда ссыпали зерно перед жерновами, — так могли прозвать мельника. Ковшом же звали ловушку для тетеревов, поэтому прозвище могло закрепиться за птицеловом. Переносное значение — бережливый, запасливый человек (отсюда поговорка «скупой ковш»). Какая из версий верна для конкретного предка, теперь не установить, но все они бытовые и реалистичные.

Фамилия редкая, её нет в частотных списках массовых русских фамилий. Встречается преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне и ремесленники из центра. Сословно, скорее всего, это крестьянская или ремесленная фамилия: ни дворянских родов Ковшутиных, ни известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано.