Фамилия Ковшуева образована от прозвища Ковшуй. В основе лежит слово «ковш» — в старину так называли не только посуду для питья, но и черпак для сыпучих тел, а также часть мельничного колеса или землечерпательный снаряд. Человек мог получить такое прозвище за профессию (изготовитель ковшей, работник на мельнице), за внешнюю особенность (например, большие ладони, напоминающие ковш) или за привычку пить большими глотками. В словаре В. Даля зафиксировано и слово «ковшуй» — так в некоторых говорах называли деревянный черпак для воды.

Модель образования фамилии типична для русского Севера и Поволжья: основа на -уй плюс суффикс -ев. Суффикс -уй (-юй) в прозвищах встречается нечасто, но устойчив в северных и сибирских диалектах: ср. Вершуй, Мелькатуй, Шуруй. Фамилии на -уев (Ковшуев, Вершуев) обычно указывают на прозвище, а не на крестильное имя.

Параллельно существовала фамилия Ковшов — от той же основы, но с более распространённым суффиксом -ов. Ковшуева — вариант, сохранивший исходную диалектную форму прозвища. Географически фамилия встречается в Вологодской, Архангельской областях и в Забайкалье, куда переселенцы принесли северный говор.

В официальных документах фамилия фиксируется с XVII века. В переписных книгах Устюга Великого упоминается крестьянин Ковшуй, а в более поздних метрических книгах Вологодской губернии встречаются Ковшуевы среди посадских людей и крестьян. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — это фамилия простого сословия, что подтверждается и типом основы, и регионом бытования.