Фамилия Ковтуновский хранит память о прозвище дальнего предка — Ковтун. В основе лежит украинское слово «ковтун», то есть «колтун» — спутанный клок волос. В народе так называли болезнь, при которой волосы сбивались в плотный ком. Прозвище Ковтун мог получить человек, страдавший этим недугом. Однако в некоторых сибирских говорах то же слово означало «пельмени». Отсюда вторая версия: фамилия могла указывать на род занятий — повара, искусного в приготовлении пельменей, или просто любителя этого блюда.

Есть и третье, менее очевидное объяснение. Ковтун могло быть «охранительным» именем. Родители нарекали ребёнка таким прозвищем в надежде, что болезнь обойдёт его стороной: назвали Ковтуном, чтобы не был колтуном. Со временем прозвище закрепилось за человеком как основное именование и легло в основу фамилии.

Фамилия образована по типичной для славянской ономастики модели с суффиксом -овск-/-евск-, который чаще всего встречается у польской и западнорусской шляхты. Окончание -ий указывает на притяжательное значение: «из рода Ковтуна» или «принадлежащий Ковтуну». Такая форма — Ковтуновские — говорит о том, что фамилия закрепилась за целым родом, а не за одним человеком.

Безусловно, фамилия Ковтуновский — самобытный памятник славянской культуры. Но точное время и место её возникновения можно установить только в ходе серьёзных генеалогических изысканий: процесс формирования фамилии мог быть долгим и не всегда привязан к одной местности.