Фамилия Ковтуняк — типичный пример украинской фамилии, образованной от прозвища с помощью патронимического суффикса -як. Такая модель (основа + -як) означает «сын такого-то» или «потомок такого-то», поэтому Ковтуняк — это буквально «сын Ковтуна». В украинской ономастике суффикс -як столь же распространён в роли указателя на родство, как и -ук/-юк на западе Украины.

Само прозвище Ковтун восходит к украинскому слову «ковтун» — колтун. Однако маловероятно, что так называли больного человека. Скорее всего, это «охранительное» внутрисемейное имя: родители нарекали ребёнка Ковтуном в надежде, что он не заболеет и вырастет красивым. В народной культуре такие имена-обереги были распространены у восточных славян — считалось, что злые силы не позарятся на того, кого уже назвали «плохим» словом.

Есть и другая, более прозаичная версия. В сибирских говорах «ковтун» означало «пельмени». Поэтому прозвище могло закрепиться за поваром, искусным в приготовлении этого блюда, или за завзятым любителем пельменей. С учётом украинского происхождения фамилии эта версия менее правдоподобна, но полностью исключать её нельзя — носители фамилии могли переселяться и приносить прозвище из других регионов.

Обратите внимание на суффикс -як. В отличие от более частых -енко или -ович, -як характерен для Подолья, Волыни и части Галичины. Это даёт географическую привязку: предки Ковтуняков, скорее всего, жили в западной или центральной Украине. Фамилия недвусмысленно указывает на украинскую языковую среду и на то, что прозвище Ковтун было наследственным — сначала оно закрепилось за отцом, а затем перешло к сыну как родовое имя.