Фамилия Ковыльда — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, не приросло стандартными суффиксами -ов, -ев или -ин. Основа фамилии — прозвище Ковыльда, а суффикс -да указывает на активное действие или склонность к нему. В русских говорах «ковылять» означает ходить вразвалку, прихрамывать или двигаться неуклюже, переваливаясь с ноги на ногу. Человек с такой походкой получал прозвище Ковыля, Ковыльда — форма с суффиксом -д- подчёркивала постоянное качество, привычку.

В ономастике это пример так называемых «характерологических» прозвищ, которые фиксировали внешнюю особенность или манеру поведения. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные образования — Ковылин, Ковыльников — встречаются, но Ковыльда стоит особняком: здесь нет перехода в притяжательное прилагательное. Фамилия застыла в именительном падеже, что характерно для украинской или южнорусской традиции прозвищного именования. Возможно, носители фамилии — выходцы с территории современной Украины или южных областей России, где такие формы бытовали дольше.

Стоит рассмотреть и другой корень: «ковыль» — степная трава. В этом случае Ковыльда могло быть прозвищем человека, жившего в ковыльной степи, или относиться к его занятию — например, косарю или пастуху. Но словообразовательная модель здесь менее убедительна: от «ковыль» естественнее ожидать фамилию Ковыльский или Ковыльников, а суффикс -да в этом контексте не типичен. Версия с походкой выглядит правдоподобнее — она объясняет и необычную форму, и живую разговорную природу прозвища.

Фамилия не получила широкого распространения, её носители встречаются точечно. В метрических книгах XIX века Ковыльда фиксируется в основном среди крестьян и мещан Черниговской и Полтавской губерний — ещё одно подтверждение южного следа. Со временем часть носителей могла сменить фамилию на более «благозвучную» Ковылев или Ковыльников, но исходная форма сохранилась у тех, кто не стремился к русификации.