Фамилия Ковыряков — яркий пример того, как прозвище, данное по поведению или занятию, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит глагол «ковырять» — слово с широким спектром значений: от мелкой, кропотливой работы (ковырять в земле, в замке) до назойливого, приставучего действия (ковыряться в чужих делах). Суффикс -як- в русских прозвищах часто указывал на деятеля, склонного к определённому действию: «ковыряка» — человек, который постоянно что-то ковыряет, чинит, возится с мелочами. Модель образования проста: прозвище Ковыряка → фамилия Ковыряков, то есть «сын Ковыряки».

Вероятнее всего, первым носителем прозвища был мастеровой, ремесленник, занятый тонкой работой: сапожник (ковыряет шилом), резчик по дереву, столяр или часовщик. В крестьянской среде так могли назвать и дотошного земледельца, который «ковыряется» в огороде, добиваясь урожая на скудной почве. Менее вероятна, но возможна иная, шутливая трактовка: прозвище могли дать человеку не в меру любопытному или въедливому, который «ковыряет нос» в чужие дела.

Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Костромской и Кировской областях. Это зона бытования «окающих» говоров, где фамилия звучала бы как Ковыряков, а не «Кавыряков». В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались именно в среде посадских людей и государственных крестьян — сословий, где ремесло было основным занятием.

Интересно, что фамилия Ковыряков не имеет отношения к «ковырянию» в негативном смысле. В ономастическом словаре Б. Унбегауна схожие фамилии (Ковыряев, Ковырзин) отнесены к группе «профессиональных» прозвищ, образованных от глаголов, описывающих трудовые процессы. Таким образом, Ковыряковы — потомки людей, которые, скорее всего, были умелыми руками, мастерами, не чуравшимися мелкой, но нужной работы.