Фамилия Ковыряковы — один из тех случаев, когда прозвище, данное человеку за особенность поведения или работы, закрепилось на века. В её основе лежит глагол «ковырять», и значение здесь вовсе не обязательно негативное. Скорее всего, предок носителя этой фамилии был человеком дотошным, скрупулёзным, любил вникать в мелочи — «ковырялся» в деле, пока не доведёт до ума. В крестьянской среде такое прозвище мог получить и ремесленник, работающий с мелкими деталями: сапожник, портной, резчик по дереву. В некоторых говорах «ковырять» означало также «делать что-то медленно и с трудом», но вряд ли это стало бы основой для фамилии — скорее, уважительный оттенок «мастер своего дела».

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — Ковыряков, то есть сын или потомок Ковыряки. Сама основа «Ковыряк» — это и есть прозвище, которое в XVI–XVII веках было вполне употребительным. Встречается оно и в исторических документах: например, в писцовых книгах Новгородской земли упоминаются крестьяне с таким именованием, что говорит о северо-западном следе фамилии. Географически Ковыряковы чаще всего встречаются в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — регионах, где сохранялись архаичные говоры и прозвищные традиции.

Интересно, что фамилия Ковыряков не имеет отношения к «ковырянию в носу» — это более позднее и бытовое осмысление. В народной этимологии её могли связывать с чем-то несерьёзным, но историческая реальность иная: прозвище Ковыряка фиксируется в актах XVI века как вполне нейтральное, а иногда даже почётное. Например, в переписи 1620-х годов по Устюгу Великому записан «Ковыряка Иванов сын, рыболов», что подтверждает связь с промыслом, требующим терпения и сноровки.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ковыряев, Ковырин, Ковырялкин. У всех них один корень, но суффиксы разные. Ковыряков — самый распространённый вариант, что говорит о его укоренённости именно в центральных и северных губерниях России. Встречается и двойное написание — Ковыряковы, с ударением на второй слог, хотя в некоторых говорах могли произносить и «Ковыряков». В любом случае, это фамилия-характеристика, которая не потеряла своей прозрачности даже спустя столетия.