Фамилия Ковыряев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не нуждается в расшифровке. Глагол «ковырять» (копаться, делать мелкую работу, ворошить) хорошо знаком каждому. Однако за этой прозрачностью скрывается не одна, а как минимум две версии происхождения, и выбор между ними даёт разные портреты предка.

Самое прямое объяснение: предка прозвали Ковыряем за манеру поведения или род занятий. В русских говорах «ковыря» — это либо медлительный, кропотливый человек, который делает всё с тщанием и неспешно, либо, наоборот, тот, кто постоянно вмешивается не в своё дело, «ковыряется» в чужих проблемах. Но есть и конкретное ремесленное значение. В некоторых областях «ковырять» означало делать мелкую резьбу, выбирать стамеской дерево, выдалбливать углубления. Мастер по изготовлению ложек, ковшей, деревянной посуды вполне мог получить прозвище Ковыряй. В этом случае фамилия — прямой потомок профессионального имени.

Суффикс -ев указывает на стандартную для центральной России патронимическую модель: сын Ковыряя. Форма на -ев (а не -ов) объясняется тем, что основа оканчивается на мягкий или шипящий звук. В документах XVII–XVIII веков фамилия могла писаться и как Ковырев, если прозвище было Ковырь, но вариант Ковыряев закрепился именно от формы «Ковыряй».

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не относится к числу самых распространённых. Встречается она преимущественно в центральных и южнорусских регионах — там, где активно бытовала лексика с корнем «ковыр-». По переписям XIX века Ковыряевы нередко числились крестьянами или мещанами, что логично для фамилии, возникшей из прозвища в среде, где ремесло и характер человека описывали одним словом.

Отдельно стоит сказать о возможной, но маловероятной версии связи с диалектным «ковыря» — видом узора, орнамента (например, на вышивке или резьбе). Это могло бы дать прозвище мастеру-орнаменталисту, но в источниках такое значение фиксируется реже, чем бытовое «копаться» или «долбить». Поэтому самая правдоподобная история — либо человек с неспешным характером, либо деревенский ремесленник, работавший стамеской и ножом.