Фамилия Ковырялина образована от прозвища Ковыряла, которое восходит к глаголу «ковырять». В основе лежит характеристика человека, данная ему по занятию или складу характера. Прозвище могло закрепиться за тем, кто занимался медленной, кропотливой работой — например, землекоп или пахарь. В крестьянской среде, где пахота и рытьё земли были повседневным делом, такое прозвище могло стать привычным именованием главы семьи.

Модель образования фамилии — типичная для русского севера и центральных областей: основа прозвища (Ковыряла) плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Ковырялы). Полная форма Ковырялин, а Ковырялина — это женский вариант или форма родительного падежа, которая в быту закрепилась как фамилия (в некоторых говорах фамилии на -ин склонялись как прилагательные, и форма женского рода стала основной для всего рода).

Стоит заметить, что прозвище Ковыряла не обязательно несло негативный оттенок. В диалектах «ковырять» могло означать «делать что-то старательно, но не спеша», а также «долбить, выдалбливать» — то есть указывать на конкретное ремесло: например, выделка деревянной посуды или работа с берестой. В ономастических работах Б. Унбегауна и В. Никонова подобные прозвища относят к группе «профессиональных», хотя точное занятие предка восстановить уже невозможно.

Фамилия редкая: по данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, носители Ковырялины встречаются в основном в Пермском крае и Кировской области — регионах, где суффикс -ин в фамилиях особенно распространён, а диалектная лексика сохранила глагол «ковырять» в значении «рыть, копать». Таким образом, фамилия Ковырялина — это не случайное прозвище, а указание на род занятий или манеру работы предка, жившего, скорее всего, на севере или востоке европейской России.