Фамилия Ковыряшкина — редкий пример русской фамилии, которая образована не от имени, профессии или внешности, а от конкретного действия. В её основе лежит глагол «ковырять» (или «ковыряться»), который в русских говорах имел несколько значений: от «копаться, делать мелкую работу» до «медлить, возиться» и даже «ковырять в носу». Прозвище Ковыряшка или Ковыряй мог получить человек неторопливый, дотошный, склонный копаться в мелочах, либо тот, кто занимался рутинным ручным трудом — например, сапожник, портной или резчик по дереву.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ковыряшкин — это «сын Ковыряшки» или «человек из семьи Ковыряшки». Форма с -шк- в основе (Ковыряшка вместо Ковыря) — характерная черта северных и северо-западных говоров, где уменьшительно-пренебрежительные суффиксы часто закреплялись в прозвищах. В южных регионах скорее встретили бы вариант Ковыряев или Ковырякин.

У фамилии есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых диалектах «ковырять» значило «бить, колотить» (ср. «ковырять по спине»). Тогда прозвище могло принадлежать драчуну или человеку с тяжёлой рукой. Но первое объяснение — через неторопливость или ручной труд — встречается в ономастических справочниках чаще, хотя прямых указаний на Ковыряшкину в словарях Унбегауна или Никонова нет: фамилия редкая, не попала в классические своды.

Географически Ковыряшкины тяготеют к центральным и северным областям России — Архангельской, Вологодской, Кировской. В XIX веке носители фамилии числились в основном среди крестьян и мещан, реже — среди мастеровых. В дворянских родословных эта фамилия не встречается.

Однокоренные фамилии — Ковыряев, Ковырялин, Ковырялкин — все они образованы от одного корня, но разными суффиксами. Ковыряшкина стоит особняком из-за уменьшительной формы, которая звучит почти по-детски: это могло быть ироничное прозвище взрослого человека, данное в насмешку за его манеру «ковыряться» в любом деле.