Фамилия Койтих — редкий пример так называемой «окающей» или «акающей» фиксации на письме, но главная её особенность в суффиксе. Окончание -их (а не -ов или -ин) сразу указывает на севернорусское или сибирское происхождение. В старых русских говорах (Архангельская, Вологодская, Вятская губернии, а позже — Зауралье) фамилии на -их и -ых были способом обозначить принадлежность к дому или роду: «Койтих» — буквально «из семьи Койта» или «те, кто живут у Койта». Такие фамилии не склонялись и зачастую закреплялись за целой династией в одной деревне.

Основа фамилии — Койт — скорее всего, нецерковное прозвище или вариант имени. Самое прямое объяснение лежит в диалектах русского Севера: «койта» или «койт» — кошка. В архангельских говорах так называли не просто животное, а ласково — домашнюю любимицу. Прозвище Койт мог получить человек с мягким, ласковым нравом или, наоборот, с повадками кошки — скрытный, независимый. Менее вероятна, но возможна связь с прибалтийско-финскими языками, где «koittaa» значит «светать», «рассветать». Если предки жили на границе с Карелией или в бывших новгородских землях, прозвище могло означать «утренний», «светлый», но для фамилии это редкий случай — обычно такие основы давали не человеку, а месту.

В польском языке есть слово «kojt» — закуток, хлев, но для русской фамилии это маловероятный источник: фамилии на -их почти не встречаются у поляков, а сама форма указывает на восточнославянскую, а не западную модель.

Сословно фамилия Койтих, скорее всего, крестьянская или посадская. Дворянские роды на -их в России единичны, и все они — поздние, искусственные. Койтих — это фамилия, которая родилась в глухой деревне, где человека называли по дому: «Койтих» — значит «Койтовы», «Койтовский род». Носителей этой фамилии можно искать в старых метрических книгах Вологодской, Архангельской губерний, а также в Сибири, куда переселенцы увозили свою родовую фамилию в неизменном виде.