Фамилия Койтов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, нужно отбросить типовую модель: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), значит, в основе лежало личное имя или прозвище Койт. Вот здесь и начинается главная загадка.

Самая вероятная версия ведёт к финно-угорским языкам, в частности к карельскому или вепсскому слову koitto — «рассвет», «заря». В прибалтийско-финской ономастике такие имена-прозвища давали по времени рождения (ребёнок, появившийся на свет на утренней заре) или по внешним чертам — светловолосый, светлоглазый. Если предок носителя фамилии жил на севере Новгородской земли, в Олонецкой губернии или в Карелии, прозвище Койт было вполне естественным. Фамилия тогда означает «потомок того, кого звали Койтом».

Есть и более прозаичная, хотя и менее убедительная версия — от тюркского корня койт со значением «пастух» или «сторож овец». Но она слабее, потому что фамилии с явным тюркским суффиксом -ов от основ на -т в русском языке единичны и обычно имеют другую географию (южные степи, Поволжье). Для фамилии Койтов, которая встречается в основном на северо-западе России, финно-угорское объяснение выглядит предпочтительнее.

Интересно, что фамилия сохранила редкий для русского уха корень. Однокоренных фамилий почти нет — разве что Койт (без суффикса) или Койтин, но они ещё реже. Это говорит о том, что фамилия не разошлась широко и осталась локальной, скорее всего, в границах бывшей Олонецкой губернии или Архангельской области. Носитель фамилии Койтов с высокой вероятностью происходит из среды карельских или вепсских крестьян, которые в XIX веке получили фамилию по прозвищу предка.