Фамилия Козачёнок образована по модели, типичной для украинской и белорусской ономастики: к основе «козак» прибавлен уменьшительно-ласкательный суффикс «-ёнок». В восточнославянских языках этот суффикс указывал на молодое существо или на потомка: «козачонок» — буквально «маленький казак» или «сын казака». Такие фамилии не фиксировали прозвище самого человека, а скорее говорили о его происхождении — отец или дед носителя принадлежал к казачьему сословию либо имел соответствующее прозвище.

В отличие от распространённых фамилий Козаков или Козаченко, форма с суффиксом «-ёнок» встречается реже и имеет чёткую региональную привязку. Она характерна для северной Украины (Черниговщина, Сумщина) и юга Беларуси — территорий, где исторически пересекались казачьи и крестьянские общины. В русских говорах такой суффикс в фамилиях почти не употреблялся, поэтому Козачёнок — яркий маркер западнорусского или украинского корня.

Основа «козак» в фамилии не обязательно указывает на военную службу. В XVI–XVII веках на этих землях «козаком» могли назвать любого вольного человека, ушедшего от барщины, или даже просто работящего и независимого крестьянина. Поэтому предок носителя фамилии мог быть не запорожским воином, а свободным поселенцем, которому дали такое прозвище за характер или образ жизни.

Написание фамилии с буквой «ё» (Козачёнок) — современная норма, закреплённая в паспортах. В дореволюционных документах и метрических книгах её могли записывать как Козаченок или Казачёнок, через «а» в первом слоге, что отражает колебания произношения в разных говорах. Вариант с «о» (Козачёнок) более последовательно передаёт украинскую этимологию, где «козак» произносится твёрдо.

Фамилия не относится к дворянским или старинным аристократическим родам — её носители в массе своей были крестьянами или казаками низших рангов. В сословном смысле Козачёнок — фамилия демократичная, без гербов и титулов, зато с прямой отсылкой к социальному слою, который в украинской истории играл ключевую роль.