Фамилия Козачухненко — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не прозвище или профессия, а целая конструкция, собранная из двух корней. Первое, что бросается в глаза, — украинский суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках был типичным для потомков: «Козачухненко» буквально означает «сын Козачухны». Но кто такой Козачухна? Здесь и начинается главная загадка.

Скорее всего, перед нами составное прозвище, где первая часть — «козак» (украинское «казак»), а вторая — диалектное или искажённое слово. Учитывая, что фамилия явно украинского происхождения (на что указывает и суффикс, и фонетика), «чухна» могло означать либо «чуб» (в некоторых говорах — «чух»), либо быть прозвищем человека неряшливого, неопрятного (от «чухна» — «грязнуля»). Есть и другая версия: «чухна» — это искажённое «чухонец» (так на Украине иногда называли финнов или прибалтов), но для южных областей это маловероятно. Правдоподобнее всего, что Козачухна — это прозвище казака с каким-то заметным внешним признаком: например, с необычным чубом или небрежной причёской.

Фамилия крайне редкая. Если встречается, то почти исключительно в центральных и восточных областях Украины, где была распространена модель прозвищ с двумя основами. В России она могла появиться в ходе переселений или через браки, но носителей — единицы. В отличие от массовых Козаченко или Козачука, эта фамилия сохранила уникальную словообразовательную склейку, которая уже в XVIII веке казалась архаичной и почти не давала новых производных. Её носители — почти наверняка потомки одного человека, прозванного Козачухной, и фамилия так и осталась локальной, не разойдясь по стране.