Фамилия Козачухин — редкая и структурно необычная. Её разбор сразу ставит вопрос: что за суффикс или окончание -ухин? В русских фамилиях типичны -ов, -ев, -ин, -ский. Формант -ухин встречается намного реже и почти всегда указывает на прозвище, образованное с помощью суффикса -уха. Соответственно, в основе фамилии лежит прозвище Козачуха.

Корень здесь — «козак». В южнорусских и украинских говорах «козак» означало не только воина, но и вольного, удалого человека, работника по найму, а иногда и батрака. Суффикс -уха придавал прозвищу оттенок насмешки или фамильярности, как в словах «толстуха», «вертуха». Значит, Козачуха — это «козак с оттенком простонародности», возможно, не служивый, а вольный крестьянин или даже слегка хвастливый человек, которого так дразнили.

Фамилия Козачухин — это типичная «фамилия-отчество»: сын Козачухи. Семейная модель, когда прозвище отца переходило к детям с прибавлением -ин, — древняя и широко распространённая в северных и центральных губерниях России. Однако сам корень «козак» скорее тяготеет к югу: к Курской, Воронежской, Тамбовской областям, а также к землям бывшего Войска Донского. Возможно, предок носителя фамилии был выходцем с юга, который осел в более северных краях, где фамилии на -ин были нормой.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает увидеть деталь. Козаков, Козаченко, Казаков — частые фамилии. Козачухин стоит особняком: суффикс -ухин делает её более редкой и диалектной. Если бы предка звали просто Козаком, фамилия была бы Козаков. Наличие -ухин говорит о том, что в основе лежало не прямое название сословия, а именно прозвище, возможно, с местным говорным оттенком.

Таким образом, фамилия Козачухин — не про казачью службу напрямую, а про человека, которого в деревне называли Козачухой: то ли за вольный нрав, то ли за то, что он нанимался в работники, то ли за хвастовство. Географически она скорее всего привязана к южнорусским областям, а по способу образования — к северной модели фамилий на -ин. Это редкий случай, когда два разных ареала скрестились в одной фамилии.