Фамилия Козекина — женская форма, а мужская — Козекин. В центре её разбора лежит необычная основа, которая сразу вызывает вопрос: от какого слова она образована? Самый прямой путь — от прозвища или имени Козека. Это уменьшительная форма от «козёл» с суффиксом -ек-, который в русских говорах мог придавать слову оттенок ласкательности или, наоборот, пренебрежения. В отличие от более частых Козлов или Козловых, фамилия с суффиксом -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Козекин, то есть сын Козеки.

Прозвище Козека, скорее всего, давали человеку с каким-то «козлиным» признаком: упрямством, бодливостью, длинной бородкой или особой манерой носить голову. В некоторых диалектах «козека» могло означать не только животное, но и непоседливого, вертлявого ребёнка. Вторая, менее очевидная версия, связывает фамилию с названием растения — «козеки» (или «козелец»). Так в ряде областей называли дикий цикорий или похожие травы, которые шли на корм скоту. В этом случае прозвище мог получить пастух или крестьянин, живший на скудных землях, заросших этим бурьяном.

Суффикс -ин типичен для северных и центральных русских земель, особенно для Поволжья и бывших новгородских территорий. Фамилия Козекин встречается в основном в Вологодской, Кировской областях и в Пермском крае — как раз в тех регионах, где была сильна традиция образования фамилий на -ин от прозвищ. В документах XVIII–XIX веков можно встретить варианты написания Козекиных через «а» — Казекин, что указывает на акающее произношение, характерное для московских говоров.

За пределами России фамилия почти не фиксируется, что говорит о её узко локальном происхождении. Сословно Козекины, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами; в дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена. Таким образом, Козекина — это фамилия, в основе которой лежит не имя святого или профессия, а бытовое, живое прозвище, данное по поведению, внешности или даже по растению, что делает её хорошим примером народной ономастики средней полосы России.