Фамилия Кожарин происходит от прозвища Кожара, которое закрепилось преимущественно на Украине. В основе лежит корень «кож-», прямо указывающий на кожевенное ремесло. Скорее всего, Кожарой называли человека, который выделывал кожи, шил из них обувь или торговал кожаными изделиями. Потомок такого мастера со временем и получил фамилию Кожарин.

Словообразовательная модель здесь — суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Он отвечает на вопрос «чей?» и буквально означает «сын Кожары». Именно этот суффикс, а не украинский -енко или -ук, указывает, что фамилия могла закрепиться уже на русской почве, после переселения носителя прозвища в великорусские земли.

Само прозвище Кожара — не единственное в своём роде. В старых документах встречаются и Кожемяка, и Кожевник, и Кожарь. Все они объединены одним занятием: обработкой кожи. Кожевенный промысел был повсеместным и прибыльным, поэтому прозвища от него давали часто. В отличие от фамилии Кожевников, которая прямо указывает на профессию, Кожарин хранит более личную, прозвищную форму — уменьшительно-обиходную, как если бы мастера называли не по официальному ремеслу, а по-свойски, в кругу своих.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и востоку Украины, где кожевенные слободы были особенно распространены. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании исходного прозвища.