Фамилия Кожарина — одна из тех, что прямо указывает на профессию предка. Её основа — прозвище Кожара, которое давали человеку, связанному с обработкой кожи. Скорее всего, родоначальник был дубильщиком или скорняком — ремесленником, работавшим с кожей. Такие профессиональные прозвища были особенно распространены на Украине, где кожевенный промысел играл заметную роль в хозяйстве.

Фамилию образовали по типичной восточнославянской модели: к прозвищу Кожара добавили суффикс принадлежности -ин. В буквальном смысле Кожарина — «жена или вдова Кожары» (патроним на -ин в женском роде часто закреплялся за вдовой или дочерью), но с течением времени форма перестала указывать на пол и стала общей фамилией для всех потомков.

Корень «кож-» в фамилии недвусмыслен: он отсылает к материалу, с которым работал человек. В украинских говорах слово «кожара» могло означать и мастера, и торговца кожами. Встречаются однокоренные фамилии — Кожар, Кожаров, Кожаренко, Кожаровский, но Кожарина выделяется редким для мужских фамилий окончанием -ина. Обычно такое окончание получали фамилии от основ на -а (Кожара → Кожарина), и это указывает на украинское или белорусское происхождение: в великорусских говорах чаще образовывали форму Кожаров.

Географически фамилия Кожарина тяготеет к юго-западным регионам — Украине, Белоруссии и прилегающим областям России. Встречается она нечасто, но устойчиво, что говорит о локальном бытовании прозвища. Со временем профессиональное именование закрепилось как наследственное, и сегодня носители фамилии могут и не подозревать, что их предок, вероятно, выделывал кожи или шил из них изделия.