Фамилию Кожинин чаще всего связывают с прозвищем Кожина — так в старину могли назвать сына человека по прозвищу Кожа. Прозвище Кожа, в свою очередь, обычно давали либо кожевнику, либо торговцу кожами, либо человеку с грубой, «кожаной» кожей. То есть предок Кожинина, скорее всего, имел дело с выделкой шкур или торговлей кожаными изделиями — ремеслом, которое на Руси было и почётным, и прибыльным.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кожинин буквально означает «сын Кожины». Форма Кожина — это краткое притяжательное прилагательное от Кожа, а не женское имя, как может показаться. Такая модель образования (прозвище → отчество на -ин) типична для северных и центральных русских земель, где фамилии часто закреплялись в XVI–XVII веках.

Интересно, что фамилия Кожинин — редкая, она не входит даже в сотню самых частых русских фамилий. Встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её ремесленное происхождение: в этих регионах кожевенное дело было особенно развито. Есть и версия, что основа могла быть не прозвищем, а неканоническим именем Кожа (такие имена, как Шуба, Сапог, Лапоть, в древности давали по названиям предметов). Но эта гипотеза менее вероятна: прозвища по профессии встречались гораздо чаще, чем «вещные» имена.

Однокоренные фамилии — Кожин, Кожевников, Кожухов — все они восходят к тому же кругу занятий. Но Кожинин стоит особняком: форма на -инин (Кожинин, а не Кожин) говорит о том, что фамилия могла возникнуть в среде, где отчество произносили с ударением на второй слог: Кожи́на. В говорах это встречалось, и такой вариант закрепился в документах.