Фамилия Кожин — одна из тех, что образована напрямую от прозвища по роду занятий. Её основа — слово «кожа». В старину прозвище Кожа давали человеку, который имел дело с выделкой шкур или изготовлением кожаных изделий: кожевнику, скорняку, шорнику. Так что предок современных Кожиных с большой вероятностью занимался ремеслом, связанным с обработкой кожи, — делом трудоёмким, но необходимым в любом крестьянском хозяйстве.

Модель образования фамилии проста и типична для русского Севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность. Кожин — значит «сын Кожи» или «из семьи Кожи». Такая модель встречается у фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я.

Не стоит путать эту фамилию с однокоренной Кожевников: Кожин может быть более древней по происхождению. Если Кожевников прямо называет ремесленника («кожевник»), то Кожин — через прозвище, которое могло закрепиться за целым родом ещё до того, как фамилии стали обязательными.

О точном месте и времени возникновения фамилии Кожин говорить сложно — процесс формирования русских фамилий был длительным и шёл с XV по XVII век. Однако прозвище Кожа встречается в документах уже в XVI столетии. Например, в новгородских писцовых книгах упоминаются крестьяне с таким прозвищем. Это указывает на то, что корни фамилии уходят в допетровскую эпоху, когда ремесленное прозвище легко становилось родовым именем.