Фамилия Кожубеков звучит на слух как типичная фамилия тюркского происхождения, и это действительно так. Её основа — составное тюркское имя Кожубек, которое образовано из двух частей: «кожу» и «бек». Первая часть восходит к арабскому слову «ходжа» (в тюркской передаче — «кожа», «ходжа»), что означает «господин», «наставник», «хозяин» или «учитель». Вторая часть — «бек» (или «бий») — это древний тюркский титул, обозначающий князя, правителя, военачальника или просто знатного человека. Таким образом, имя Кожубек буквально переводится как «господин-бек» или «знатный наставник» — имя с явным социальным весом, которое давали ребёнку, желая ему уважения и высокого положения.

Фамилия образована по стандартной для многих народов бывшего СССР модели: к основе Кожубек прибавили русский патронимический суффикс -ов, означающий «принадлежащий», «сын». Итоговая форма Кожубеков — это «сын Кожубека». Такая модель характерна для тюркских фамилий, которые оформлялись в XIX–XX веках при переписях и паспортизации, особенно в среде казахов, киргизов, татар и других народов, живших в составе Российской империи. Суффикс -ов заменил собой исконные тюркские способы обозначения родства (например, -улы, -кызы), но сохранил саму основу.

Самая вероятная география фамилии — Казахстан и Киргизия, а также прилегающие регионы России (Оренбуржье, Алтай, Астраханская область), где исторически жили тюркские народы. Встречается она и у башкир, и у татар, хотя реже. В досоветский период носители имени Кожубек могли быть выходцами из зажиточных или духовных сословий: слово «кожа» нередко указывало на потомков пророка Мухаммеда или на мусульманских учёных, а «бек» — на аристократию. Однако со временем имя стало общеупотребительным, и фамилия Кожубеков сегодня не говорит о сословной принадлежности — её носят люди самых разных профессий и социальных слоёв.

Интересная деталь: в русском языке фамилия могла писаться и произноситься с ударением на второй или третий слог (Кожу́беков или Кожубе́ков), и оба варианта встречаются в документах. Это связано с тем, что в тюркских языках ударение обычно падает на последний слог, а в русском оно подвижное.