Фамилия Кожухоренко — это фонетический вариант более распространённой фамилии Кожухаренко. Обе они образованы от прозвища Кожухарь или Кожухар. Разница в написании (О вместо А во втором слоге) возникла из-за местного произношения или ошибки писаря: в безударной позиции звуки «а» и «о» звучали одинаково, поэтому на письме их могли путать.

В основе прозвища лежит славянское слово «кожух» — тулуп из овчины. Суффикс -арь (-ар) указывает на деятеля, то есть на профессию. Кожухарём называли портного, который шил тулупы, или скорняка, выделывавшего кожу. Не исключено, что так могли прозвать и продавца кожаных изделий. Однокоренные именования встречаются в древних актах: у С. Б. Веселовского упоминаются дьяк Иван Григорьевич Кожух Кроткого (1557 год) и Иван Александрович Кожухов (1505 год, Волок Ламский).

Суффикс -енко в фамилии типичен для украинской и южнорусской ономастики и означает «сын» или «потомок». Таким образом, Кожухоренко буквально понималось как «сын Кожухаря». Со временем прозвище закрепилось в качестве наследственного имени и полностью заменило собой первоначальное крестильное.