Фамилия Козихины — редкий пример, где в основе лежит не мужское, а женское прозвище. Исходное слово — «козиха», то есть коза. В русских говорах так могли называть не только самку козы, но и женщину с определённым характером: упрямую, бойкую, либо, наоборот, ту, от которой «молока», то есть пользы, было мало. Прозвище Козиха давали и мужчинам, но в таком случае оно носило ироничный оттенок — так могли окрестить обладателя козлиной бородки или человека с капризным нравом.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Козихины, то есть дети, потомки Козихи. Это так называемая «матронимическая» фамилия, что для русской традиции редкость: обычно фамилии образовывали от имени отца, а не матери. Козихины — один из тех случаев, когда родовое прозвище закрепилось по женской линии, возможно, потому что женщина-Козиха была главой дома или просто яркой личностью в округе.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в тверских, ярославских, костромских землях — там, где были живы архаичные прозвищные формы. В письменных источниках XVII века можно найти упоминания крестьян и посадских с таким прозвищем, но точную дату появления фамилии установить сложно: процесс её закрепления шёл несколько поколений.

Сравните с однокоренными фамилиями: Козин, Козлов — они образованы от мужских основ, а Козихины стоят особняком. Суффикс -их- в основе (Коз-их-а) — характерная черта севернорусских прозвищ, которые потом «окаменели» в фамилии. Это не уменьшительная форма, а скорее указание на принадлежность к роду или стае: козиха — та, что «из козьего племени».

В современном написании фамилия чаще встречается как Козихин, но в старых метрических книгах можно найти вариант Козихины — с окончанием, подчёркивающим множественное число и родовую общность.