Фамилия Козирацкий — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается неочевидная этимология. В её основе лежит прозвище Козира, а вот от какого именно слова оно образовано, можно спорить. Самая прямая версия ведёт к польскому kozera — «козырь». Если принять эту гипотезу, то прозвище Козира мог получить заядлый картёжник или просто человек, который умел выходить сухим из воды, «бить козырем» в любой ситуации.

Однако есть и другая, не менее правдоподобная версия. Она отталкивается от польского прозвища Koziara, которое восходит к слову koza — «коза». В этом случае Козирой называли не игрока, а пастуха. В польской ономастике суффикс -ara (как в Koziara) нередко указывает на род занятий или характерный признак, поэтому прозвище могло закрепиться за человеком, который пас коз, либо за тем, кого за упрямство или бойкость сравнивали с козой.

Сам суффикс -цк- в фамилии Козирацкий — типичный для польской и западнорусской традиции. Такие фамилии на -ский / -цкий в прошлом часто указывали на принадлежность к месту или роду, но в случае с прозвищными основами они просто оформляли фамилию по модели, популярной у шляхты и духовенства. То есть Козирацкий — это не «выходец из Козирацка», а «сын Козиры», «человек из рода Козиры».

Географически фамилия тяготеет к западноукраинским и польским землям. Встречается она нечасто, что тоже косвенно подтверждает её прозвищное, а не топонимическое происхождение: если бы корень был от названия деревни, носителей было бы заметно больше. Спор между «козырем» и «козой» остаётся открытым, но лингвистически версия с kozera выглядит чуть предпочтительнее — именно из-за точного звукового совпадения с польским словом, тогда как Koziara потребовала бы дополнительного переоформления.