Фамилия Козлишин звучит необычно и сразу обращает на себя внимание суффиксом -ишин. В русской ономастике это классическая модель образования фамилий от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а/-я: чей? — Козлишин, то есть сын или потомок Козлиши. Основа здесь — «козёл», но не в прямом значении животного, а как прозвище. В старину козлом называли упрямого, бодливого или очень подвижного человека, иногда — того, кто носил бородку клинышком. В украинской и белорусской традиции прозвище Козлиша могло относиться к человеку с характерным голосом или повадками.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Суффикс -ишин встречается в фамилиях, образованных от форм типа Козлиша, что характерно для говоров, где личные имена и прозвища склонялись по «женскому» типу (как «Илья» — «Ильишин»). Встречаются варианты написания: Козлишин и Козлишын (в украинизированной форме). Однокоренные фамилии — Козлов, Козликов, Козлин — гораздо распространённее, а Козлишин остаётся редкой и локальной.

Сословный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или казачьим. В документах XVII–XVIII веков фамилии на -ишин фиксировались в основном среди черносошных крестьян и однодворцев южных уездов. Однако точных исторических записей о конкретных Козлишиных до XIX века почти нет — фамилия не относится к числу часто упоминаемых в переписных книгах.

В современной России фамилия встречается единично, преимущественно в Краснодарском крае и Ростовской области, куда в XIX–XX веках переселялись выходцы с Украины. Если ваш предок носил эту фамилию, он с большой вероятностью происходил из среды малороссийского казачества или крестьянства, а прозвище Козлиша могло закрепиться за ним из-за внешности или характера — бойкого, неуступчивого, «козлиного».