Фамилия Козлитина — редкий случай, когда в основе лежит не церковное имя, а прозвище или нецерковное имя Козел, а точнее его уменьшительно-ласкательная форма Козлита. Такие имена на Руси до XVII века были обычным делом: человека могли назвать Козлом, Волком или Медведем не в обиду, а как оберег или по сходству с животным. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Козлита — сын или дочь Козлиты, то есть «чей?» — Козлитин.

Есть и другая, более глубокая версия, связанная с христианской символикой. Выражение «козел отпущения» в библейском контексте обозначало животное, на которое символически возлагали грехи всего народа, а в богословии этот образ перенесли на Христа, «нагруженного грехами мира». В народной среде такое прозвище могло даваться человеку кроткому, терпеливому или, наоборот, тому, на кого постоянно сваливали чужую вину. Прямых доказательств этой связи нет, но в ономастике известны случаи, когда «животные» прозвища получали не только по внешности, но и по роли в общине.

Разбирая словообразовательную модель, видим редкий суффикс -ит- в основе Козлит-. Обычно для уменьшительных форм от «козел» использовали суффиксы -к- (Козелка) или -яг- (Козляга). Форма Козлита — архаичная, она могла бытовать в северных и центральных говорах, где сохранялись старые уменьшительные суффиксы. Фамилия Козлитин встречается в основном в Тверской, Псковской и Новгородской областях — это косвенно подтверждает её происхождение от местного прозвища, а не от фамилии, принесённой из других регионов.

В отличие от распространённых Козловых, фамилия Козлитина осталась редкой. Это говорит о том, что её носители, скорее всего, не принадлежали к дворянству или купечеству, а были крестьянами или ремесленниками, получившими фамилию по уличному прозвищу предка. В дореволюционных переписях такая фамилия почти не фиксируется, что типично для поздних, «неофициальных» фамилий, закрепившихся уже в советское время.