Фамилия Козубцов — из тех, где за простой, на первый взгляд, основой стоит живое прозвище и ремесло. Если разобрать её по частям, сразу становится ясно: перед нами типичная восточнославянская модель, указывающая на «сына» или «потомка» конкретного человека.

В основе фамилии лежит прозвище Козубец. А оно, в свою очередь, образовалось от более короткого прозвища Козуб с помощью уменьшительного суффикса -ец. То есть Козубец — это буквально «маленький Козуб» или, что вероятнее, «сын Козуба». Такая цепочка — Козуб → Козубец → Козубцов — типична для фамилий, где суффикс -ов добавили уже к уменьшительной форме: «чей сын? — Козубцов».

Ключ к пониманию — слово «козуб». В украинском языке так называли лукошко, корзину, сплетённую из лыка или прутьев. Прозвище Козуб, скорее всего, дали человеку, который плёл такие корзины или торговал ими. Это профессиональное именование, одно из многих в ряду фамилий вроде Кошелев, Лукошкин или Корзинкин. Встречается оно преимущественно в южнорусских и украинских землях, где слово «козуб» было в ходу.

Сам суффикс -ец в прозвище Козубец мог нести не только значение «сын», но и подчёркивать молодость или зависимость: например, так могли называть подмастерье корзинщика. Со временем это именование закрепилось за родом, и в документах появилась фамилия Козубцов — сначала как отчество, а потом уже как наследственная.

Фамилия редкая, с чёткой географической привязкой к регионам, где бытовала украинская лексика. Встречается она и в южнорусских областях, граничащих с Украиной. В отличие от более распространённых Козубовых или Козубенко, форма Козубцов сохранила редкий суффиксальный переход, что делает её особенно интересной для этимолога.