Фамилия Козубцов образована от именования Козубец. Козубцем, вероятно, прозвали сына человека по прозвищу Козуб, "маленького Козуба" (суффикс -ец в данном случае имеет уменьшительное значение). Само прозвище Козуб восходит к аналогичному нарицательному. В переводе с украинского «козуб» означает «лукошко, корзина». Скорее всего, прозвище Козуб относится к профессиональным именованиям, указывающим на род деятельности предка: вероятно, основатель рода Козубцовых занимался плетением и продажей корзин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Козубец, со временем получил фамилию Козубцов.