Фамилия Козунова — женская форма, а её основа — мужское прозвище или нецерковное имя Козун. Это имя, в свою очередь, образовано от слова «коза» или напрямую от «козёл». В Древней Руси такие «животные» имена были обычным делом. Родители, называя сына Козуном, следовали древней славянской традиции: они верили, что имя, взятое у природы, сделает ребёнка её частью и передаст ему качества этого животного — выносливость, силу, плодовитость. Это так называемые «охранительные» имена, призванные обмануть злых духов и уберечь младенца от бед.

Словообразовательная модель проста: к основе Козун добавился типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность (чей? — Козунов). Женское окончание -а даёт нам современную фамилию. Таким образом, Козунова буквально означает «дочь (или жена) Козуна». В русской ономастике это стандартный путь для фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках.

Интересно, что фамилия Козунова — довольно редкая. Её географическое распространение нешироко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, родоначальник жил в небольшой деревне или слободе, и фамилия не «разошлась» по стране. В отличие от массовых фамилий вроде Кузнецов или Иванов, Козунова сохраняет прямую связь с конкретным прозвищем предка. По сравнению с однокоренными Козлов или Козин, фамилия Козунова использует уменьшительно-ласкательный суффикс -ун, что придаёт прозвищу оттенок нежности или иронии — возможно, Козуном звали не просто упрямого человека, а бойкого, подвижного парня.