Фамилия Козусь — редкая, но с прозрачной внутренней формой, если заглянуть в украинские диалекты. Самая убедительная версия связывает её с украинским «козусь» — «кожух», то есть тулуп из овчины. Тогда прозвище Козусь получал кожухарь, портной, который такие тулупы шил. Это ремесленное прозвище — один из самых частых типов украинских фамилий, и здесь всё сходится: и корень, и суффикс.

Суффикс -усь типичен для западноукраинских говоров, особенно для Галичины и Волыни. Он уменьшительно-ласкательный, но в фамилиях часто закреплялся за прозвищами без уменьшительного оттенка, просто как характерный региональный формант. Фамилии на -усь (Козусь, Марусь, Петрусь) встречаются в основном на западе Украины и в приграничных районах Польши.

Есть и другие гипотезы, но они слабее. Например, от киргизского «козут» — «подстрекать, подзуживать». Тогда прозвище указывало бы на характер: задиристый или подговаривающий человек. Но это объяснение маловероятно: фамилия Козусь встречается в украинской среде, а не в тюркской, и связь с киргизским языком для западноукраинской фамилии выглядит натянутой.

Третья версия — от польского kożuszek, «пенка». Так могли прозвать любителя молочных пенок. Но это скорее народная этимология: слово «козусь» в значении «пенка» редкое и локальное, а прозвища по таким бытовым мелочам обычно образуются от нарицательных названий этих мелочей, а не от уменьшительных форм.

Итого: фамилия Козусь с высокой вероятностью профессиональная, от украинского «козусь» — кожух. Предок был кожухарем, портным по овчине. Регион бытования — запад Украины.