Фамилия Козуль, скорее всего, произошла от нецерковного имени или прозвища Козуля. В основе лежит слово «коза»: в древнерусском языке «козуля» имела несколько значений. Это и уменьшительно-ласкательное название самой козы, и название дикой козы (косули), и даже название сохи — земледельческого орудия, у которого боковые отвалы напоминали козьи рога. Таким образом, прозвище Козуля могло указывать на внешность человека (длинноногий, подвижный, как коза), на его характер (упрямый, бодливый) или на род занятий (пахарь, земледелец).

Фамилия образована с помощью редкого для русской ономастики «нулевого» суффикса: от основы Козул- (чередование «уля» → «уль»). Такая модель встречается нечасто и говорит о том, что фамилия могла закрепиться в устной речи без типичных окончаний -ов, -ев или -ин. Это делает её похожей на прозвищные фамилии, которые фиксировали имя человека «как есть», без переоформления.

В исторических источниках, на которые ссылается С. Б. Веселовский, упоминаются: Козуля, крестьянин, 1545 год, Новгород, а также Козулины (Козюлины), крестьяне, 1627 год, Белёв. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в северо-западных и центральных русских землях. Фамилия Козуль могла возникнуть как вариант от той же основы, но с усечением окончания, или как форма родительного падежа множественного числа («из рода Козуль»), что характерно для некоторых украинских и южнорусских фамилий.

Версия о связи с географическим названием (например, река Козулька в Сибири) менее вероятна: такие топонимы обычно вторичны по отношению к прозвищу. Скорее всего, предок носителя фамилии получил своё прозвище за живость, ловкость или за привычку работать в поле — и это имя закрепилось за его потомками в необычной, лаконичной форме.