Фамилия Козылин — одна из тех, где прозвище предка перешло в наследственное имя почти без изменений. Её основа — слово «козёл» или «козлина», а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Козылин, то есть сын или потомок Козыли.

Козыля, Козёл — прозвища, которые в Древней Руси давали не только за внешнее сходство с животным (борода, упрямство, тонкий голос). Чаще их получали люди бойкие, драчливые или, наоборот, смирные и безобидные — в зависимости от того, какая черта козла бросалась в глаза соседям. В русских говорах «козёл» имел и переносные значения: так могли назвать шустрого плута или неудачника, которого все пинают. «Козыля» — уменьшительно-уничижительная форма, усиливающая оттенок пренебрежения или насмешки.

Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. Встречаются однокоренные фамилии: Козлов, Козин, Козельский. Но Козылин стоит особняком: суффикс -ыл- редок и указывает на то, что прозвище бытовало в живой речи, а не в книжной традиции. Сравните с фамилиями Кобылин (от кобыла), Козулин (от козуля — косуля).

В документах XVII–XVIII веков Козылины встречаются среди крестьян и посадских людей. В переписных книгах по Вятке и Пермской губернии фамилия фиксируется уже в конце XVIII столетия. Это говорит о том, что прозвище укоренилось именно в северо-восточных регионах, где крестьянские фамилии формировались позже и часто напрямую из прозвищ, без посредства отчества.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа могла быть не от «козла», а от диалектного «козыль» — так в некоторых говорах называли кочергу или кривую палку. Тогда прозвище могло достаться кривому или неуклюжему человеку. Но эта гипотеза слабее: во-первых, слово «козыль» в этом значении узкорегионально, во-вторых, фамилии от названий орудий труда обычно образуются через суффикс -ов (Кочергов, Лопатов), а не -ин. Так что версия с козлом остаётся основной.

Фамилия не редкая, но и не массовая: по данным современных справочников, Козылины компактно живут в Кировской области, Удмуртии и Пермском крае. В других регионах встречается единично, что подтверждает её локальное происхождение.