Фамилия Козыркин образована от прозвища Козырь. В основе лежит нарицательное «козырь» — старшая карта в игре, которая бьет любую другую масть. Прозвище, скорее всего, давали человеку бойкому, удачливому или тому, кто умел настоять на своем, выходил победителем из сложных ситуаций. Потомка такого человека и стали называть Козыркиным.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на -а или -ь. Здесь исходная форма — Козырька, уменьшительное или уничижительное от Козырь. Такая цепочка (Козырь → Козырька → Козыркин) встречается реже, чем прямое Козырев, и указывает на более тесную, возможно, семейную или бытовую связь с прозвищем. В говорах форма на -ка могла выражать не только уменьшительность, но и принадлежность к младшему поколению: Козырька — сын Козыря.

Вариант фамилии Козырев гораздо распространённее, но Козыркин встречается в нескольких регионах, разбросанных по средней полосе России, без ярко выраженного гнезда. Это говорит о том, что прозвище давали независимо в разных местностях, а фамилия закрепилась случайно, не став массовой.

В ономастических словарях фамилию нередко связывают с карточной терминологией, но есть и бытовая версия: козырем в старину называли высокий стоячий воротник, деталь одежды. Тогда прозвище мог получить щеголь или человек, носивший такую одежду. Однако карточное значение как основное поддерживается большей частотой фамилий типа Тузкин, Валетов, Шестёркин — все они образованы от названий игральных карт.