Фамилия Козюкина образована от прозвища или мирского имени Козюка. В основе лежит слово «коза», но пути появления фамилии расходятся в зависимости от того, какую роль играло исходное имя в жизни человека.

Самое прямое объяснение: прозвище Козюка давали козопасу или тому, кто держал много коз. В крестьянском быту это было занятие заметное, и человек легко получал прозвище по роду занятий. Вторая бытовая версия — так могли прозвать непоседливого, вертлявого человека, чья подвижность напоминала поведение козы.

Есть и более древний, дохристианский пласт. До повсеместного распространения календарных имён на Руси существовали мирские имена — Коза, Волк, Медведь. Родители нарекали ребёнка Козой не в насмешку, а с обережной целью: считалось, что такое имя делает дитя «своим» для природы и передаёт ему жизненную силу и плодовитость животного. В этом случае Козюка — производная, ласкательная форма от мирского имени Коза.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Козюкина — дочь или жена Козюки. Типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а. По этой же схеме сложились фамилии Козлов, Козин — но Козюкина стоит особняком благодаря редкому суффиксу -юк, который усиливает уменьшительный или пренебрежительный оттенок исходного прозвища.

Иногда фамилию Козюкина связывают с выражением «козёл отпущения», но эта параллель натянута: библейский образ относится к обрядовому животному, а не к личному прозвищу человека. Более правдоподобно, что фамилия закрепилась в южнорусских и украинских говорах, где суффикс -юк особенно распространён: Козюк, Козюченко, Козюкин.